Objektif utama majlis adalah dua kali ganda, walaupun terdapat isu lain yang turut dibincangkan:

1. Untuk mengutuk prinsip dan doktrin Protestantisme dan untuk menjelaskan doktrin Gereja Katolik pada semua perkara yang dipertikaikan. Ini tidak dilakukan secara rasmi sejak 1530 Confutatio Augustana . Memang benar bahawa maharaja berhasrat untuk menjadi majlis jeneral yang ketat atau benar-benar ekumenikal, di mana orang Protestan harus mempunyai pendengaran yang adil. Dia menjamin, semasa tempoh kedua majlis, 1551–1553, jemputan, dua kali diberikan, kepada Protestan untuk hadir dan majlis mengeluarkan surat kelakuan selamat (sesi ketiga belas) dan menawarkan mereka hak perbincangan, tetapi menafikan mereka mengundi. Melanchthon dan Johannes Brenz, dengan beberapa Lutheran Jerman lain, sebenarnya bermula pada 1552 dalam perjalanan ke Trent. Brenz menawarkan pengakuan dan Melanchthon, yang tidak jauh dari Nuremberg, membawa bersamanya Confessio Saxonica . Tetapi keengganan untuk memberikan undi kepada Protestan dan kebimbangan yang dihasilkan oleh kejayaan Maurice dalam kempennya menentang Charles V pada tahun 1552 telah menamatkan kerjasama Protestan dengan berkesan. [6]
2. Untuk melaksanakan reformasi dalam disiplin atau pentadbiran . Objek ini telah menjadi salah satu punca memanggil majlis reformasi dan telah disentuh ringan oleh Majlis Kelima Lateran di bawah Paus Julius II . Korupsi yang jelas dalam pentadbiran Gereja adalah salah satu daripada banyak punca Reformasi. Dua puluh lima sesi awam telah diadakan, tetapi hampir separuh daripadanya dihabiskan dalam majlis rasmi. Kerja utama dilakukan dalam jawatankuasa atau jemaah. Seluruh pengurusan berada di tangan wakil paus. Unsur liberal kalah dalam perdebatan dan pengundian. Majlis memansuhkan beberapa penyalahgunaan yang paling terkenal dan memperkenalkan atau mengesyorkan pembaharuan disiplin yang menjejaskan penjualan indulgensi, moral biara, pendidikan paderi, bukan kediaman uskup (juga uskup yang mempunyai banyak faedah, yang agak biasa ), dan penyampaian celaan yang cuai, dan melarang pertarungan. Walaupun sentimen evangelis diucapkan oleh beberapa ahli yang memihak kepada kuasa tertinggi Kitab Suci dan pembenaran oleh iman, tidak ada sebarang konsesi dibuat kepada Protestantisme. [6]
3. Gereja adalah penafsir utama Kitab Suci. [7] Juga, Bible dan tradisi gereja (tradisi yang terdiri daripada sebahagian daripada kepercayaan Katolik) adalah sama dan berwibawa secara bebas.
4. Hubungan iman dan perbuatan dalam keselamatan telah ditakrifkan, berikutan kontroversi mengenai doktrin Martin Luther tentang " pembenaran melalui iman sahaja ".
5. Amalan Katolik lain yang menimbulkan kemarahan para reformis dalam Gereja, seperti indulgensi, ziarah, pemujaan orang kudus dan peninggalan, dan pemujaan terhadap Perawan Maria telah ditegaskan semula, walaupun penyalahgunaan terhadap mereka adalah dilarang. Dekri mengenai muzik suci dan seni keagamaan, walaupun tidak jelas, kemudiannya diperkuatkan oleh ahli teologi dan penulis untuk mengutuk banyak jenis gaya dan ikonografi Renaissance dan zaman pertengahan, yang memberi kesan besar kepada perkembangan bentuk seni ini.

Keputusan doktrin dewan ditetapkan dalam dekri ( decreta ), yang dibahagikan kepada bab ( capita ), yang mengandungi pernyataan positif dogma conciliar, dan ke dalam kanon pendek ( canones ), yang mengutuk pandangan Protestan yang bertentangan dengan menyimpulkan anathema sit ("biar dia dikutuk"). [6]